RuiRui Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

使用云服务器+frp访问内网机器

这篇blog介绍怎样使用公网云服务器，通过frp服务实现对内网服务器的远程访问。 最近在外地研究所工作，需要访问在北京研究所的一台内网机器。尝试了远程桌面、zerotier内网穿透等多种方式后，最后决定使用腾讯云 + frp构建tunneling来实现远程访问。这个策略几乎不受两个研究所的远程桌面防火墙的限制，延迟显著低于zerotier，费用上也比自费搞一个高速的无线wifi再远程桌面连...

Posted by 孙睿 on August 17, 2025

批次效应的逐基因量化

这篇blog介绍2025年五月发表在nature computational science上的一篇论文，Quantifying batch effects for individual genes in single-cell data. 单细胞的批次效应是一个老生常谈的问题，也有大批有效的批次矫正方法。但少有工作尝试阐述问题，“批次效应到底是怎样影响数据的”。这篇工作给了一个很好的回答...

Posted by 孙睿 on July 13, 2025

CREformer 论文阅读

下次组会准备讲 Multiomic foundation model predicts epigenetic regulation by zero-shot 这篇论文，这篇Blog记录一下自己对论文的一些想法。 简介 阿里达摩院团队的工作，提出了一个CREformer模型，可以用于基因调控的zero-shot推断。 看下来觉得主要亮点是多模态数据(DNA序列数据，组学数据), 多样性的...

Posted by 孙睿 on March 13, 2025

生信笔记-2(celloracle 推断基因调控网络)

这篇Blog介绍celloracle原理以及怎样使用celloracle推断基因调控网络。 基因调控网络(GRN)是解读基因互作的重要工具，基于单细胞单组学或者多组学数据的基因调控网络推断也是前几年的一个热门研究方向。celloracle是2023年发表在Nature上的一篇论文，使用单细胞多组学数据进行GRN推断并进行扰动分析。 对于多组学GRN推断，分析上的一个不便之处是很少有一个完...

Posted by 孙睿 on January 14, 2025

单细胞预训练模型工作总结(2)

这篇blog主要记录如下内容： 自己的单细胞预训练模型尝试。 自己的bert-base和gpt2预训练尝试。 单细胞预训练模型尝试 这段时间主要尝试了如下工作： Transformer-based scRNA-seq pretrain Multi-omic pretrain scATAC-seq pretrain Transformer-based sc...

Posted by 孙睿 on December 2, 2024

生信笔记-1

这篇blog记录GSEA原理和scanpy内HVG筛选的策略。 GSEA(gene set enrichment analysis) GSEA 目标 已知一个参考基因集合S，S通常与性状或者功能相关。给定一组样本的基因表达数据，这组样本具有标签数据(例如某种性状或者实验组-对照组)，希望判断，与标签相关的差异表达基因，是否在参考基因集合S中富集。如果富集，参考基因集合S相关的性状或者功...

Posted by 孙睿 on November 25, 2024

Probability problems(1)

Record a few probability problems that were done recently. EX 1 Question source: Optiver prove it 1 Youtube Question Prove that \[\lim_{n\rightarrow\infty} P_n = \frac{1}{2^{2n}} \sum_{i=0}^{n...

Posted by 孙睿 on October 5, 2024

单细胞预训练模型工作总结(1)

最近想借助transformer架构去解决手头数据的建模分析问题，同时，本着“击败敌人首先要了解敌人”的思想，想要证实我的一些大逆不道想法，还是要深入了解一下scRNA-seq预训练模型这一两年来的进展。这篇博客是对近期的一些论文阅读的总结。 首先感谢OmicsML ( https://github.com/OmicsML/awesome-foundation-model-single-c...

Posted by 孙睿 on September 13, 2024

回声定位物种单细胞多组学数据分析工作总结

回声定位物种单细胞多组学数据分析工作总结 孙睿 2024.07.11 工作概况 研究问题 研究思路 当前进展 主要难点 经验交流 非模式物种，10X多组学数据基本处理 基因组注释问题 fastq数据问题 ...

Posted by 孙睿 on July 14, 2024

360大模型算法实习经历

最近结束了在360公司的大模型算法的实习，想要记录下实习的经历和一些想法，本篇博客的基本内容如下： 面试经历 主要工作内容 实习体验与个人收获 面试经历 拿到360的大模型算法实习是一个非常意外的事情。去年十一月份的时候，我在boss直聘上收到了360HR的面试邀请。自己当时处在一个挺迷茫的阶段，手头上有一个单细胞数据分析的课题，但是进展并不顺利，不知道怎样从数据中分析出...

Posted by 孙睿 on May 5, 2024

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